Το νέο λιμάνι της Κέρκυρας, χτισμένο δυτικά από το παλιό, είναι το λιμάνι που εξυπηρετεί τα επιβατικά πλοία και κρουαζιερόπλοια, καθώς και τα φορτηγά πλοία που δένουν στο νησί, ενώ το παλιό λιμάνι χρησιμοποιείται από ιστιοπλοϊκά και σκάφη αναψυχής.
Το λιμάνι της Κέρκυρας έχει πορθμειακή σύνδεση με την Ηγουμενίτσα, την Ανκόνα, το Μπάρι, την Τεργέστη και τη Βενετία, ενώ δέχεται και μικρά πλοία από την Αλβανία και την Κροατία. Οι εταιρείες που λειτουργούν στην Κέρκυρα είναι η ΑΝΕΚ, η Blue Star Ferries και η Minoan Lines.